Tugas Inspektorat adalah melaksanakan pengawasan intern di lingkungan BATAN. Dalam melaksanakan tugas, Inspektorat menyelenggarakan fungsi pelaksanaan pengawasan intern terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya. Reformasi Birokrasi merupakan perubahan paradigma dan pelaksanaan tata kelola pemerintahan menjadi lebih baik yang melibatkan pegawai. Upaya menata ulang proses birokrasi dari tingkat tertinggi hingga terendah dan melakukan terobosan baru dengan langkah-langkah bertahap, konkret, realistis, dan dengan upaya luar biasa. Selain itu Inspektorat turut serta dalam melaksanakan serta mengawal program reformasi birokrasi di BATAN sesuai amanat PERMENPAN-RB Nomor 14 Tahun 2014.