Sasaran reformasi birokrasi BATAN disesuaikan dengan sasaran reformasi birokrasi nasional, yaitu: 

1. Birokrasi yang bersih dan akuntabel.
   1. Penerapan sistem nilai dan integritas birokrasi yang efektif melalui :
      • Penerapan Sistem Akuntabilitas Kinerja BATAN secara efektif
      • Penerapan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah secara menyeluruh di BATAN
      • Penerapan Nilai-nilai BATAN yaitu Akuntabilitas, Disiplin, Keunggulan, Integritas, Kolaborasi, Kompetensi, dan Inovatif dengan mengutamakan aspek keselamatan.
   2. Penerapan pengawasan yang independen, profesional, dan sinergis melalui:
      • Peningkatan SDM APIP sebagai Penjamin Kualitas (Quality Assurance).
      • Penerapan e-audit
      • Pelaksanaan audit berbasis risiko
   3. Peningkatan kualitas pelaksanaan dan integrasi antara sistem akuntabilitas keuangan dan kinerja melalui:
      • Pembangunan zona integritas
      • Penetapan unit kerja berpredikat WBK
      • Mempertahankan opini WTP atas laporan keuangan
   4. Peningkatan fairness, transparansi, dan profesionalisme dalam pengadaan barang dan jasa melalui:
      • Penerapan Whistle Blowing System (WBS) ke seluruh unit kerja di BATAN
      • Peningkatan pelaksanaan pengendalian gratifikasi
      • penerapan e-procurement dan e-catalogue
   5. Birokrasi yang efektif dan efisien  
      • Penguatan agenda  Reformasi Birokrasi BATAN dan  peningkatan kualitas implementasinya melalui: penyusunan road map RB BATAN 2015 - 2019
      • Penataan organisasi mengarah ke dimensi yang tepat ukuran, tepat fungsi, dan sinergis, melalui:  evaluasi organisasi dan analisis beban kerja
      • Penataan bisnis proses yang sederhana, transparan, partisipatif, dan berbasis e-government, melalui: evaluasi SOP, pedoman penyusunan SOP dan penerapan e-government dalam penyelenggaraan tugas dan fungsi di BATAN
      • penerapan sistem manajemen SDM BATAN berbasis sistem merit melalui : pengukuran kinerja Pegawai, penerapan remunerasi berbasis capaian kinerja, penerapan pola karir/jabatan yang kompetitif, dan penerapan sistem pengembangan kompetensi berbasis diklat yang memadai, 
      • Penerapan Talent Management System yang terpadu dan penerapan sistem pengembangan kompetensi berbasis diklat yang memadai.
      • Penerapan sistem manajemen kinerja BATAN yang efektif.
      • Peningkatan kualitas kebijakan publik, melalui penerapan standar pelayanan.
      • Pengembangan kepemimpinan  untuk   perubahan   dalam  birokrasi untuk mewujudkan kepemimpinan yang visioner, berkomitmen tinggi, dan transformatif, melalui: role model, pembentukan agen perubahan. 
      • Peningkatan efisiensi (belanja aparatur) penyelenggaraan birokrasi, melalui penerapan Anggaran Berbasis Kinerja.
      • Penerapan manajemen kearsipan yang handal, komprehensif, dan terpadu, melalui pemanfaatan teknologi informasi.
      • Pelaksanaan penanganan benturan kepentingan
   6.  Birokrasi yang memiliki pelayanan publik berkualitas
      1. Penguatan kelembagaan dan manajemen pelayanan:
         • Implementasi UU No. 25/2009, Permen PAN dan RB, serta Perka BATAN terkait pelayanan publik
         • Penerapan kebijakan BATAN tentang pelaksanaan Survei Kepuasan Masyarakat
         • Reviu dan perbaikan terhadap sistem dan manajemen pelayanan publik
         • Modernisasi sistem dan manajemen layanan publik melalui pemanfaatan teknologi informasi
      2. Penguatan kapasitas pengelolaan kinerja pelayanan publik.
         • Evaluasi kinerja unit organisasi penyelenggara layanan BATAN
         • Pengembangan inovasi layanan
         • Partisipasi dalam kompetisi layanan publik
         • Pelatihan Penyelenggara pelayanan publik