Sasaran reformasi birokrasi BATAN disesuaikan dengan sasaran reformasi birokrasi nasional, yaitu:
- Birokrasi yang bersih dan akuntabel.
- Penerapan sistem nilai dan integritas birokrasi yang efektif melalui :
- Penerapan Sistem Akuntabilitas Kinerja BATAN secara efektif
- Penerapan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah secara menyeluruh di BATAN
- Penerapan Nilai-nilai BATAN yaitu Akuntabilitas, Disiplin, Keunggulan, Integritas, Kolaborasi, Kompetensi, dan Inovatif dengan mengutamakan aspek keselamatan.
- Penerapan pengawasan yang independen, profesional, dan sinergis melalui:
- Peningkatan SDM APIP sebagai Penjamin Kualitas (Quality Assurance).
- Penerapan e-audit
- Pelaksanaan audit berbasis risiko
- Peningkatan kualitas pelaksanaan dan integrasi antara sistem akuntabilitas keuangan dan kinerja melalui:
- Pembangunan zona integritas
- Penetapan unit kerja berpredikat WBK
- Mempertahankan opini WTP atas laporan keuangan
- Peningkatan fairness, transparansi, dan profesionalisme dalam pengadaan barang dan jasa melalui:
- Penerapan Whistle Blowing System (WBS) ke seluruh unit kerja di BATAN
- Peningkatan pelaksanaan pengendalian gratifikasi
- penerapan e-procurement dan e-catalogue
- Birokrasi yang efektif dan efisien
- Penguatan agenda Reformasi Birokrasi BATAN dan peningkatan kualitas implementasinya melalui: penyusunan road map RB BATAN 2015 - 2019
- Penataan organisasi mengarah ke dimensi yang tepat ukuran, tepat fungsi, dan sinergis, melalui: evaluasi organisasi dan analisis beban kerja
- Penataan bisnis proses yang sederhana, transparan, partisipatif, dan berbasis e-government, melalui: evaluasi SOP, pedoman penyusunan SOP dan penerapan e-government dalam penyelenggaraan tugas dan fungsi di BATAN
- penerapan sistem manajemen SDM BATAN berbasis sistem merit melalui : pengukuran kinerja Pegawai, penerapan remunerasi berbasis capaian kinerja, penerapan pola karir/jabatan yang kompetitif, dan penerapan sistem pengembangan kompetensi berbasis diklat yang memadai,
- Penerapan Talent Management System yang terpadu dan penerapan sistem pengembangan kompetensi berbasis diklat yang memadai.
- Penerapan sistem manajemen kinerja BATAN yang efektif.
- Peningkatan kualitas kebijakan publik, melalui penerapan standar pelayanan.
- Pengembangan kepemimpinan untuk perubahan dalam birokrasi untuk mewujudkan kepemimpinan yang visioner, berkomitmen tinggi, dan transformatif, melalui: role model, pembentukan agen perubahan.
- Peningkatan efisiensi (belanja aparatur) penyelenggaraan birokrasi, melalui penerapan Anggaran Berbasis Kinerja.
- Penerapan manajemen kearsipan yang handal, komprehensif, dan terpadu, melalui pemanfaatan teknologi informasi.
- Pelaksanaan penanganan benturan kepentingan
- Birokrasi yang memiliki pelayanan publik berkualitas
- Penguatan kelembagaan dan manajemen pelayanan:
- Implementasi UU No. 25/2009, Permen PAN dan RB, serta Perka BATAN terkait pelayanan publik
- Penerapan kebijakan BATAN tentang pelaksanaan Survei Kepuasan Masyarakat
- Reviu dan perbaikan terhadap sistem dan manajemen pelayanan publik
- Modernisasi sistem dan manajemen layanan publik melalui pemanfaatan teknologi informasi
- Penguatan kapasitas pengelolaan kinerja pelayanan publik.
- Evaluasi kinerja unit organisasi penyelenggara layanan BATAN
- Pengembangan inovasi layanan
- Partisipasi dalam kompetisi layanan publik
- Pelatihan Penyelenggara pelayanan publik
- Penguatan kelembagaan dan manajemen pelayanan:
- Penerapan sistem nilai dan integritas birokrasi yang efektif melalui :